办理农村土地承包经营权变更登记的程序，应依照《农村土地承包经营权证管理办法》第十六条的流程，承包方向当地乡(镇)农村经营管理部门进行申请，乡(镇)农村经营管理部门受理变更申请后，应及时对申请材料进行审核。符合规定的，报请原发证机关办理变更手续，并在农村土地承包经营权证登记簿上记载。
办理农村土地承包经营权变更申请应提交以下材料：
(一)变更的书面请求;
(二)已变更的农村土地承包合同或其它证明材料;
(三)农村土地承包经营权证原件。
一、土地承包经营权变更
是指承包户之间采取转让、互换方式流转农村土地承包经营权;或因其它方式导致农村土地承包经营权分立、合并的;或者部分承包地被依法征用、占用，导致农村土地承包经营权部分丧失的;或者错误填发《农村土地承包经营权证》，需要变更登记的。
变更登记按照下列程序办理：
(1)承包方填写变更登记申请书。
(2)申请人持二轮延包合同书和《农村土地承包经营权证》。
(3)村委会在申请书上签字盖章。
(4)(发包方)证明材料，主要是已变更的农村土地承包合同。
(5)承包方将申请书、有关证明材料和《农村土地承包经营权证》，报送乡(镇)经管站审核。经审核后在登记簿上进行记载。
(6)由乡(镇)向市提出“变更登记”书面申请(后附有关材料一式两份)和承包户交回的《农村土地承包经营权证》。由市农业局经管站对乡镇报送的申请材料予以审核，符合规定的，在登记簿上进行记载。在原《农村土地承包经营权证》增减变动栏目填写增减变动地块名称及面积，并在证书上注明“变更”的字样。
土地承包经营权的变更要做好相应的登记手续，登记好土地变更之后就是一份新的农村土地承包经营权，原来的合同作废，土地上的经营所得由现在的土地承包人所有，原承包人不在获得受益，在这方面涉及到土地流转的问题，但是这两个还是有不同的。
