运输企业印花税的计算方法：
1、若货物运输企业采用核定征收方式缴纳货物运输合同的印花税，应当以按照企业会计制度确认的主营业务收入作为计税依据；
2、若货物运输企业采用自行贴花方式缴纳货物运输合同的印花税，其开具的货运专用或普通属于应税凭证，应当以上列明的运输费用作为计税依据。
货物运输印花税申报方式：
1、贴花法，由纳税人根据税法规定，自行计算缴纳税额，并购买印花税票贴在应税凭证上。另外企业也可以预先购买印花税票，发生应税行为的时候，自行计算缴纳税额，将已购买的印花税票粘贴在应纳税凭证上，每枚税票的骑缝处要盖戳注销或者划销；
2、汇总汇缴，这种方式适用一份应税凭证应纳税额超过500元的情况，又或者同一种类应纳税凭证，需频繁贴花的，可以向当地税务机关申请印花税汇总缴纳；
3、核定征收，如果你的单位是核定征收印花税的，纳税期限是一个月，但是税额较小的，由税务机关确定是否改为一个季度。
【法律依据】：
《印花税暂行条例》第三条
纳税人根据应纳税凭证的性质，分别按比例税率或者按件定额计算应纳税额。具体税率、税额的确定，依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。
应纳税额不足1角的，免纳印花税。
应纳税额在1角以上的，其税额尾数不满5分的不计，满5分的按1角计算缴纳。
