自建房房产证的办理流程分为城镇自建房和农村自建房。
（一）城镇自建房房产证办理流程：
1、需要在你自建房所在区委会开证明、介绍信、证明自建房的权属。
2、再到你自建房所在城镇土管所办理土地使用证。
3、到你自建房所在城镇建办补办自建房的审批件。
4、拿着以上手续到自建房所在城镇房管所办理房产证。
（二）农村自建房房产证办理流程：
1、需要提交的材料有登记申请书、申请人的身份证明、宅基地使用权证明（者集体建设用地使用权证明）、申请登记房屋符合城乡规划的证明、房屋测绘报告或者村民住房平面图。
2、申请村民住房权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。
3、农村集体经济组织申请房屋权初始登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。
4、建房户向村委会提出建房申。村委会审核同意，签字盖章。向乡建办提出申请。
5、乡建办工作人员实地勘察，同意建房。到乡建办领取房屋建设申请表，经乡建办签字同意，乡主管领导签字盖章、核实同意。
6、交县规划建设局审批(县服务)建房户领取产权证。
法律依据：
《房屋登记办法》 第八十三条：
因合法建造房屋申请房屋所有权初始登记的，应当提交下列材料：
(一)登记申请书;
(二)申请人的身份证明;
(三)宅基地使用权证明或者集体所有建设用地使用权证明;
(四)申请登记房屋符合城乡规划的证明;
(五)房屋测绘报告或者村民住房平面图;
(六)其他必要材料。
申请村民住房所有权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明。
农村集体经济组织申请房屋所有权初始登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料。
