对于你的问题，你首先明确以下几点：
1.你公司的税收是网上申报还是手工申报。
2.若网上申报，则税款直接从软件上申报，稍后收取申报回执及付款回执，以此证明你已申报且缴税成功，付款回执可作为原始凭证记账。
3.若手工申报的，税款一律在税务局的征收大厅申报，税务局打印出缴税凭单后，交纳税银行扣款，回执联作为原始凭单记账。
4.对于你提到的个人所得税分为两种。
5.企业开通网上申报的可直接网上报税，稍后收取申报及付款回执。
6.企业未开通网上申报的又分软盘申报和制表申报，软盘申报是到税务局指定网址下载个调税申报软件，然后按要求录入相关个调税申报信息，并发送至软盘或U盘，报送税务局。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》
第三条 税收的开征、停征以及减税、免税、退税、补税，依照法律的规定执行；法律授权规定的，依照制定的行规的规定执行。
任何机关、单位和个人不得违反法律、行规的规定，擅自作出税收开征、停征以及减税、免税、退税、补税和其他同税收法律、行规相抵触的决定。
第四条 法律、行规规定负有纳税义务的单位和个人为纳税人。法律、行规规定负有代扣代缴、代收代缴税款义务的单位和个人为扣缴义务人。纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款。
