相比较于原告资格，股东知情权诉讼的被告主体资格则简单的多。从股东知情权的内容来看，知情权的义务主体无疑应当是公司，这一点在司法实践中已基本上取得一致的认识。但是，被告的范围亦不限于公司本身，在某此情况下，公司未能保证股东行使查阅权是因为公司财务会计报告以及财务账簿等为公司控股股东等所控制，所以在特殊情况下，公司的控股股东、董事、经理等高级管理人员也可以成为知情权诉讼的被告。
在审判实践中，知情权诉讼在确定被告资格时，可能会遇到以下问题：
1、公司被依法注销后，原公司股东对公司其他股东、原法定代表人或高级管理人员为被告主张行使知情权的纠纷应如何处理?公司被依法注销后，公司的法人资格即消亡，股东对公司享有的股东权也因公司的消亡而消灭，故其要求对已被注销的公司行使知情权没有法律依据。且股东知情权的义务主体是公司，公司其他股东或法定代表人、高级管理人员一般不能成为知情权的义务主体。因此，对于原公司股东针对公司其他股东、原法定代表人或高级管理人员为被告提起的知情权纠纷，人民应当不予受理。已经受理的，应当裁定驳回起诉。
2、股东对公司提起知情权纠纷诉讼，将会计师事务所列为第三人或申请会计师事务所作为第三人参加诉讼应如何处理?《公司法》第一百六十五条规定，公司编制的财务会计报告应依法经会计师事务所审计。实践中，一些股东在提起知情权纠纷诉讼时，将会计师事务所作为第三人，请求判决公司向会计师事务所提供财务会计报告。公司财务会计报告应依法经会计师事务所审计但该审计行为系公司与相关会计师事务所之间依据委托审计合同关系而产生，与股东对公司行使知情权属不同的法律关系，在股东与公司之间的知情权纠纷诉讼中，只需判决公司向股东提供公司财务会计报告即可。至于该财务会计报告是否经依法审计、由哪家会计师事务所进行审计、审计结果是否依法、客观，不属于股东知情权诉讼范畴。股东对该财务会计报告有异议的，可依照《公司法》或章程的规定主张权利。
