法律分析：投资顾问在证券基金经济纠纷中需要注意保护自身合法权益，其主要措施包括：
1. 严格遵守法律法规和职业道德规范，避免违法行为或失信行为，确保自身行为合法合规。
2. 避免过于依赖客户，避免在客户要求下采取违法或不当行为。
3. 根据合同规定履行自己应尽的义务，通常包括尽职调查、风险提示、投资建议等。
法律依据：
1.《中华人民共和国证券法》第43条：投资咨询人员在向投资者提供投资咨询时，应当遵循诚实信用、勤勉尽责、保守投资者秘密的原则。
2.《中华人民共和国基金法》第3：基金管理人、基金托管人、基金销售机构和基金投资顾问等机构应当按照诚实信用、勤勉尽责的原则，履行自己的职责。
3.《基金业协会自律规则》第57条：基金投资顾问应当遵守法律法规和行业自律规定，保持、客观、公正的态度，依法、依规提供投资建议。
投资顾问在证券基金经济纠纷中应当注意保护自身合法权益，并严格履行职业道德规范和法律法规规定。
