法律分析：三方协议仅限于应届毕业生在求职阶段与拟用人单位签订的合同，效力仅限于取得毕业证以前、三方协议的目的是约束应届毕业生毕业后进入拟用人单位工作，同时要求拟用人单位在毕业生毕业后与该毕业生签订劳动合同，因此如果用人单位与应届毕业生签定了正式的劳动合同，则三方协议的效力自然解除、正式劳动合同可以约定的违约条款仅局限于涉及保密条款和设定服务期的合同，其他任何情形都不得为劳动者设定违约金。三方协议的违约条款仅针对应届毕业生毕业后未进入用人单位，在正式劳动合同签订后，该违约条款所需的基础已经不复存在，所以违约条款当然不可能顺延至正式劳动合同中。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》
第三条 订立劳动合同，应当遵循合法、公平、平等自愿、协商一致、诚实信用的原则。依法订立的劳动合同具有约束力，用人单位与劳动者应当履行劳动合同约定的义务。
第十条 建立劳动关系，应当订立书面劳动合同。已建立劳动关系，未同时订立书面劳动合同的，应当自用工之日起一个月内订立书面劳动合同。用人单位与劳动者在用工前订立劳动合同的，劳动关系自用工之日起建立。
第三十六条 用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。
