1、招聘方式不同：合同工是通过人事部门发布招聘信息，通过面试流程后，与其签订劳动合同，建立的是劳动关系；编制工则是通过公、事业单位考试和军官转业安置等方式获得工作。2、工作权限不同：合同工只能是协助执法；而编制工则具有执法权，可以指挥合同工协助执法。3、待遇不同：合同工的工资是用人部门内部经费发放，工资普遍较低，合同工需要自己缴纳养老保险，退休后才能根据自己交的养老保险的数额获得退休工资；而编制工的工资是由国家财政保障，相对稳定工资较高，编制工也不需要交养老保险，退休后根据级别获得退休工资。
法律依据:
《聘任制公务员管理规定（试行）》
第十二条 机关聘任公务员，应当按照平等自愿、协商一致的原则，与所聘公务员签订书面的聘任合同，确定双方的权利和义务。
第十三条 聘任合同应当具备合同期限，职位及其职责要求，工作条件，工资、福利、保险待遇，解除聘任合同情形，违约责任等条款。
聘任机关与所聘公务员根据需要，可以在聘任合同中约定前款规定之外的保密管理、离职后从业等其他事项。第十四条聘任合同期限为一年至五年，由聘任机关根据工作任务和目标与拟聘任公务员协商确定。首次签订聘任合同的，可以约定试用期，试用期为一个月至六个月。聘任为领导职务的，聘任合同期限为三年至五年，试用期为一年。
