办理协议离婚的程序是：
1、申请当事人协议离婚时必须双方亲自到一方户口所在地的婚姻登记机关申请离婚登记，不得委托他人代理。当事人申请离婚，应当持有相关的证件和证明去办理；
2、审查婚姻登记管理机关的工作人员在接受当事人离婚申请时，应当进行审查并询问相关情况。工作人员应查明：
（1）男女双方已经办理结婚登记；
（2）该结婚登记在中国内地办理（含中国驻外使领馆）；
（3）双方目前仍然维持婚姻关系；
（4）双方自愿离婚；
（5）双方具备完全民事行为能力（无精神病史和智力低下等情形）；
（6）已对、及处理等问题达成—致意见。
3、登记婚姻登记管理机关经过审查后，如果符合条件的，应当当场予以登记，发给离婚证，注销结婚证;不符合离婚条件的，不予登记并当场向当事人说明理由。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
