有债权债务的企业不可以申请注销。企业申请注销登记的前提是：清算程序终结，企业债务清偿完毕。企业还有债权债务尚未处理的，不能申请注销登记。否则清算义务人应当对债权债务承担相应责任。
一、破产清算的程序包括哪些环节？
1、成立清算组。人民应当在宣告企业破产之日起十五日内成立清算组，接管破产企业，清算组应当由股东、有关机关及专业人士组成；
2、清算组接管破产公司。人民宣告企业破产后，破产企业由清算组接管，负责对破产企业的财产进行管理、清理、估价、处理、分配，代表破产企业参与民事活动，其行为对人民负责并汇报工作；
3、破产财产分配。分配破产财产，由清算组提出分配方案，在债权人会上讨论通过，报人民批准后由清算组具体执行；
4、清算终结。破产财产清算分配完毕，由清算组向人民汇报清算分配工作的情况，并申请人民裁定破产终结，未得到清偿的债权，不再进行清偿；
5、注销登记。企业破产，破产财产分配完毕，企业法人依法终止其民事行为能力，清算组向破产公司的原登记机关申请注销原公司登记。
二、公司被注销后如何确定诉讼主体中被告是谁
公司注销了可以按下列情况确定被告：
1、企业被注销登记时，清算主体或第三人在工商管理部门承诺企业注销登记后遗留的债权债务由其负责的，债权人可以做出承诺的清算主体或第三人为被告。
2、企业未经清算即被注销登记，第三人在工商管理部门的注销登记中承诺偿债，债权人既可以对清算主体或承诺偿债人作为被告；也可以二者为共同被告要求二者承担共同清偿责任。
3、被注销登记的企业为债权人的，如有权利义务承受人，可应其申请直接变更其为诉讼主体。
三、公司被起诉后可以注销吗？
公司在诉讼被告期间可以注销，但是在诉讼过程中，公司未经清算即办理注销登记的，则应当由有限责任公司的股东在债权人主张的公司债务范围内，承担相应的赔偿责任，当然赔偿的前提是债权债务查证属实。
在民事诉讼过程中，作为一方当事人的公司办理注销登记的，应当区分注销公司时依法清算和未清算两种情形。如果在当事人起诉后，公司依法成立了清算组，依照公司法等规定进行了清算，则诉讼应当中止或者终止，当事人可以依照公司清算程序实现自身权利。
最高人民《关于适用《中华人民共和国公司法》若干问题的规定（二）》
第二十条公司解散应当在依法清算完毕后，申请办理注销登记。公司未经清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，债权人主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任的，人民应依法予以支持。
公司未经依法清算即办理注销登记，股东或者第三人在公司登记机关办理注销登记时承诺对公司债务承担责任，债权人主张其对公司债务承担相应民事责任的，人民应依法予以支持。
