处理专利侵权纠纷的方法包括协商、请求行政机关处理和向起诉。协商有避免诉累和合作伙伴的优点；请求行政机关处理具有程序简便快捷的优势；向起诉手段多、效力强，但程序复杂。专利纠纷包括专利申请权、专利权属、发明人资格等问题。侵权纠纷应向管理专利工作部门申请处理，可以停止侵权行为并寻求赔偿。对于行政部门的处理决定不服，可进行行政诉讼。
法律分析
1、协商，其优点在于避免诉累、不伤和气、可由竞争对手变为合作伙伴。
2、请求行政机关处理，其优点在于程序简便快捷、可以及时制止侵权。
3、向人民起诉，其优点在于手段多、效力强，但程序复杂。
4、请求管理专利工作的部门处理或者调解;
专利纠纷包括哪些情况：
(1)、专利申请权纠纷;
(2)、专利权权属纠纷;
(3)、发明人、设计人资格纠纷;
(4)、专利权、专利申请权转让合同纠纷;
(5)、假冒他人专利纠纷;
(6)、发明专利申请公布后、专利权授予前使用费的纠纷;
(7)、职务发明创造发明人、设计人奖励、报酬纠纷。
如何处理专利侵权纠纷：
被请求人所在地或侵权行为发生地的管理专利工作的部门。认定侵权行为成立的，可以责令侵权人立即停止侵权行为，当事人不服的，可以自收到处理通知之日起十五日内向人民起诉;侵权人期满不起诉又不停止侵权行为的，管理专利工作的部门可以申请人民强制执行;应当事人的请求，可以就侵犯专利权的赔偿数额进行调解;调解不成的，当事人可以依照《中华人民共和国民事诉讼法》向人民起诉。
专利纠纷的行政诉讼：对管理专利工作的部门责令侵权人立即停止侵权行为处理不服的，自收到处理通知之日起十五日内向起诉;对管理专利工作的部门关于假冒他人专利、冒充专利做出的处罚决定不服的，可以按行政诉讼法的一般规定，在知道做出该具体行政行为之日起三个月内向起诉。
结语
根据以上情况，处理专利纠纷可选择协商、请求行政机关处理或向人民起诉。协商有避免诉累、不伤和气和合作伙伴的优点；请求行政机关处理具有简便快捷、及时制止侵权的优点；向人民起诉则多种手段、效力强，但程序复杂。专利纠纷包括专利申请权、专利权权属、资格纠纷等。处理侵权纠纷可向管理专利工作的部门请求处理或调解，如不服可向人民起诉。行政诉讼可针对部门责令停止侵权或处罚决定不服，分别在十五日和三个月内向起诉。
法律依据
中华人民共和国专利法（2020修正）：第七章 专利权的保护 第六十七条 在专利侵权纠纷中，被控侵权人有证据证明其实施的技术或者设计属于现有技术或者现有设计的，不构成侵犯专利权。
中华人民共和国专利法（2020修正）：第一章 总则 第十 在中国没有经常居所或者营业所的外国人、外国企业或者外国其他组织在中国申请专利和办理其他专利事务的，应当委托依法设立的专利代理机构办理。
中国单位或者个人在国内申请专利和办理其他专利事务的，可以委托依法设立的专利代理机构办理。
专利代理机构应当遵守法律、行规，按照被代理人的委托办理专利申请或者其他专利事务；对被代理人发明创造的内容，除专利申请已经公布或者公告的以外，负有保密责任。专利代理机构的具体管理办法由规定。
中华人民共和国专利法（2020修正）：第七章 专利权的保护 第六十六条 专利侵权纠纷涉及新产品制造方法的发明专利的，制造同样产品的单位或者个人应当提供其产品制造方法不同于专利方法的证明。
专利侵权纠纷涉及实用新型专利或者外观设计专利的，人民或者管理专利工作的部门可以要求专利权人或者利害关系人出具由专利行政部门对相关实用新型或者外观设计进行检索、分析和评价后作出的专利权评价报告，作为审理、处理专利侵权纠纷的证据；专利权人、利害关系人或者被控侵权人也可以主动出具专利权评价报告。
