公司擅自变更股东签订的股权转让协议是无效的。股权转让协议的变更，由签订协议的转让方和受让方协商一致后进行。
根据《公司法》第七十一条第一款的规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
第七十三条规定，依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。
《民法典》第五百四十三条规定，当事人协商一致，可以变更合同。
第五百四十四条规定，当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
【本文关联的相关法律依据】
《公司法》第七十一条第一款
有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。
第七十三条
依照本法第七十一条、第七十二条转让股权后，公司应当注销原股东的出资证明书，向新股东签发出资证明书，并相应修改公司章程和股东名册中有关股东及其出资额的记载。对公司章程的该项修改不需再由股东会表决。
《民法典》第五百四十三条
当事人协商一致，可以变更合同。
第五百四十四条
当事人对合同变更的内容约定不明确的，推定为未变更。
