法律分析：
工程备案合同与实际施工合同不一致，需要以备案合同为准来进行结算。依据最高人民关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释第21条的规定：当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。应当注意的是，不是必须招投标的工程项目。
法律依据：
《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》 第二条 招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同约定的工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等实质性内容，与中标合同不一致，一方当事人请求按照中标合同确定权利义务的，人民应予支持。招标人和中标人在中标合同之外就明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设单位捐赠财物等另行签订合同，变相降低工程价款，一方当事人以该合同背离中标合同实质性内容为由请求确认无效的，人民应予支持。
