法律分析：如果登记的时候发现计算机软件著作权被侵害的，可以向登记中心提出异议，也可以向人民起诉。应当根据情况，承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任。计算机软件是著作权的一种，只要作品具有独创性，就应当受到法律保护。计算机软件经登记后，具有对抗第三人的效力。
法律依据：《中华人民共和国著作权法》 第五十二条 有下列侵权行为的，应当根据情况，承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任：
（一）未经著作权人许可，发表其作品的；
（二）未经合作作者许可，将与他人合作创作的作品当作自己单独创作的作品发表的；
（三）没有参加创作，为谋取个人名利，在他人作品上署名的；
（四）歪曲、篡改他人作品的；
（五）剽窃他人作品的；
（六）未经著作权人许可，以展览、摄制视听作品的方法使用作品，或者以改编、翻译、注释等方式使用作品的，本法另有规定的除外；
（七）使用他人作品，应当支付报酬而未支付的；
（八）未经视听作品、计算机软件、录音录像制品的著作权人、表演者或者录音录像制作者许可，出租其作品或者录音录像制品的原件或者复制件的，本法另有规定的除外；
