项目结余资金应当按照国家有关规定缴回国库。
依据我国相关法律的规定，投资项目建成后，及时办理竣工财务决算，投资项目结余的财政资金，应当按照国家有关规定缴回国库。
投资建设项目管理的方式如下：
1、临时型。很多一次性项目建设单位，在计划部门下达基本建设计划后，由建设单位或有关部门牵头，组建一个临时性的基建班子管理项目建设。如社会事业类的档案馆、博物馆、图书馆、文化中心、殡仪馆等建设项目；
2、基建处室型。一些常年有建设任务的部门，如教育、卫生、体育等，由其下设的计划财务处或基建处，行使建设项目管理职能；
3、事业单位型。设立专门的事业单位，从事有关投资项目建设，如机关事务管理局负责建设机关宿舍、行政中心项目等；
4、代建型。在计划部门下达基本建设投资计划后，由授权部门代表通过招投标选择社会化企业代行项目建设管理职能，如目前国内外建设市场用的较为普遍的工程总承包型和工程管理委托型；
5、项目法人型。计建设673号文规定：国有单位经营性基本建设大中型项目在建设阶段必须组建项目法人。由项目法人对项目的策划、资金筹措、建设实施、生产经营、债务偿还和资产的保值增值，实行全过程负责。一些投资的经营性或准公益性基础设施工程，如交通、电力、污水处理、城市供水、土地开发等建设项目，由授权使用或经营单位设立项目法人；
6、部门型。投资的一些纯公益性基础设施工程，如城市道路、桥梁等市政工程以及河道堤防、水土保持等水利工程，直接由部门负责组织建设和管理。
综上所述，项目支出结余资金原则上由财政部收回。基本建设项目竣工后，项目建设单位应抓紧办理工程价款结算和清理项目结余资金，并编报竣工财务决算。财政部和相关主管部门应及时批复竣工财务决算。基本建设项目的结余资金由财政部收回。
【法律依据】：
《投资条例》第二十五条
投资项目建成后，应当按照国家有关规定进行竣工验收，并在竣工验收合格后及时办理竣工财务决算。
投资项目结余的财政资金，应当按照国家有关规定缴回国库。
