法律分析：员工在公司犯罪中可能会面临丧失劳动报酬、被索要非法费用、犯罪嫌疑等问题。在此情况下，员工有权保护自己的合法权益，包括要求公司依法支付劳动报酬、拒绝支付非法费用、遵守法律程序等。同时，员工还可以向有关部门举报公司犯罪行为。
法律依据：
1.《中华人民共和国劳动合同法》第二十五条：劳动者有权依法获得劳动报酬。
2.《中华人民共和国反不正当竞争法》第十一条：禁止索要、支付不正当竞争费用。
3.《中华人民共和国刑法》第三百零五条：单位犯罪，应当对直接责任人员追究刑事责任。
4.《中华人民共和国举报条例》第五条：举报人有权依法获得保护。
以上法律依据仅为部分，员工应根据具体情况选择适用法律条款。同时，员工在保护自己的合法权益时，应当注意维护国家利益和社会公共利益，遵守法律程序，不得过度泄露公司商业机密或涉及公司声誉的信息。
