1、对强奸案件中被害人意志认定强奸罪的客体是妇女性自主权利不受侵犯，其客观方面表现为违背妇女意志，使用暴力、胁迫或者其他手段，强行与妇女发生性关系的行为。在审理被告人的行为是否构成强奸罪，最关键的一点是，需要判断性行为发生时是否违背了被害人的意志。但被害人的意志是主观方面的表现，很难有直接、客观的证据来证明。在司法实践中，由于男女之间发生性行为时往往没有第三者在场目击，因此，当事人双方的口供起着至关重要的作用。但口供比起物证来说，虽然比较直观，但其较为不稳定。
2、物证的认定现在社会是一个传媒时代，讲述犯罪的电影、电视、网络、书本等较多，有不少的被告人通过这些讲述犯罪的媒介学会了如何处理物证，例如将犯罪现场破坏、将沾有精斑的衣物等彻底毁灭等等。
3、强奸案件中被害人陈述的认定一般来说，除被告人的供述之外，强奸案件的证据通常只有鉴定结论以及被害人陈述两类，而鉴定结论通常只能作为辅助证据存在。
一、强奸案受害人写了谅解书还会继续追诉吗
强奸案受害人写了谅解书还会继续追诉。只要是立案了，就只能按减轻刑罚的情节来处理，还是会依法判强奸罪。强奸罪，是指违背妇女意志，使用暴力、胁迫或者其他手段，强行与妇女发生性交的行为，或者故意与不满14周岁的幼女发生性关系的行为。
强奸是一种违背被害人的意愿，使用暴力、威胁或伤害等手段，强迫被害人进行性行为的一种行为。
强奸罪的构成要件如下：
1、侵犯的客体，是妇女性的不可侵犯的权利；
2、在客观方面，表现为以暴力、胁迫或其他使妇女不能抗拒、不敢抗拒的手段，违背妇女意志，强行与妇女发生性交的行为；
3、犯罪主体是年满十四周岁的男子。但在共同犯罪情况下，妇女教唆或者帮助男子强奸其他妇女的，以强奸罪的共犯论处；
4、主观方面，是直接故意，并且具有强行奸淫的目的。
