合同补充协议作为合同的一部分，与合同具有同等法律效力。合同是当事人或当事双方之间设立、变更、终止民事关系的协议。依法成立的合同，受法律保护。
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。
时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
一、补充条款的法律效力
补充协议是对原合同的补充或者变更，一般要明确约定，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突时，应当与补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。
二、补充协议该怎么写才有效
补充协议有效的条件：
1、主体合格。即当事人应具备相应的民事行为能力；
2、当事人的意思是真实的；
3、不违反法律、行规的强制性规定，不损害社会公共利益，不违反公共秩序和良好习俗。
合同补充协议是指当事人对合同内容没有约定或者约定不明确的，另行达成的条款。补充条款与主合同之间是主从关系，补充条款来自合同。主合同不受补充条款的而存在。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国民法典》
第四百九十条当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
