法律分析：
承包人承包工程亏损的情况，具体看看承包合同及相关施工合同的约定并且结合实际情况判断亏损的责任，是承包人的责任还是发包人的责任，或者是不是实际施工人的责任。是哪一方的责任就由那方承担。可以先协商处理，协商不成的建议当事人收集好证据和材料起诉处理，通过法律途径解决。
法律依据：
《中华人民共和国民事诉讼法》
第三条 人民受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。
第二十一条 对公民提起的民事诉讼，由被告住所地人民管辖；被告住所地与经常居住地不一致的，由经常居住地人民管辖。 对法人或者其他组织提起的民事诉讼，由被告住所地人民管辖。 同一诉讼的几个被告住所地、经常居住地在两个以上人民辖区的，各该人民都有管辖权。
