《劳动法》第九十一条规定了用人单位克扣员工工资的法律后果，包括支付拖欠工资、经济补偿和赔偿金。但在一些情况下，单位可以代扣个人所得税、社会保险费、判决中的费用等。减发工资的情况也不属于克扣，如法律规定、劳动合同约定、企业规章制度、经济效益下浮和事假等。无故拖欠工资不包括自然灾害、战争等不可抗力因素，以及经过工会同意的延期支付。单位克扣工资将承担法律后果。
法律分析
《劳动法》第九十一条：“用人单位有下列侵害劳动者合法权益情形之一的，由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令其支付赔偿金：
(1)克扣或者无故拖欠劳动者工资的;
(2)拒不支付劳动者延长工作时间工资报酬的;
(3)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的;
(4)解除劳动合同后，未依照本法规定给予劳动者经济补偿的。”
可以看出，用人单位克扣职工工资，要支付拖欠工资、补偿金(25%拖欠工资额)，必要时还要支付赔偿金(但要以造成实际损害为前提)。
不属于单位克扣工资的情形有哪些
1、用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者工资。但有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
(1)用人单位代扣代缴的个人所得税;
(2)用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用;
(3)判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费;
(4)法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
2、以下减发工资的情况也不属于克扣：
(1)国家的法律、法规中有明确规定的;
(2)依法签定的劳动合同中有明确规定的;
(3)用人单位依法制定并经职代会批准的厂规、厂纪中有明确规定的;
(4)企业工资总额与经济效益相联系，经济效益下浮时，工资必须下浮的(但支付给提供正常劳动职工的工资不得低于当地的最低工资标准);
(5)因劳动者请事假等相应减发工资等。
3、无故拖欠不包括：
(1)用人单位遇到非人力所能抗拒的自然灾害、战争等原因，无法按时支付工资;
(2)用人单位确因生产经营困难、资金周转受到影响，在征得本单位工会同意后，可暂时延期支付劳动者工资，延期时间的最长可由各省、自治区、直辖市劳动行政部门根据各地情况确定。除上述情况外，拖欠工资均属无故拖欠。
根据上文的介绍，我们知道要是单位克扣员工的工资，那么可以由劳动行政部门责令其支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令其支付赔偿金。这也就是单位克扣工资所要承担的法律后果。
结语
《劳动法》第九十一条明确规定了用人单位侵害劳动者合法权益的情形，并规定了相应的法律后果。根据该条款，如果用人单位克扣或无故拖欠劳动者工资、拒不支付延长工作时间工资、低于最低工资标准支付工资、未按规定给予经济补偿，劳动行政部门可以责令其支付工资报酬、经济补偿，并可以要求支付赔偿金。因此，单位克扣工资将面临法律的严厉制裁。
法律依据
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第二章 劳动合同的订立 第二十五条 【违约金】除本法第二十二条和第二十三条规定的情形外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十五条 【未依法支付劳动报酬、经济补偿等的法律责任】用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
中华人民共和国劳动合同法（2012修正）：第七章 法律责任 第八十二条 【不订立书面劳动合同的法律责任】用人单位自用工之日起超过一个月不满一年未与劳动者订立书面劳动合同的，应当向劳动者每月支付二倍的工资。
用人单位违反本法规定不与劳动者订立无固定期限劳动合同的，自应当订立无固定期限劳动合同之日起向劳动者每月支付二倍的工资。
