用人单位私自扣押公司证件侵害劳动者利益，根据《中华人民共和国劳动合同法》和《中华人民共和国身份证法》的规定，行政机关将给予相应处罚，包括警告、罚款等，并要求退还证件。此外，根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》，饮酒驾驶、交由无证驾驶、超速驾驶、驾驶不合格车辆、累积记分达到12分等情形，驾驶证也会被扣留。
法律分析
依据我国相关法律的规定，用人单位私自扣押公司证件的，由行政机关给予相应的处罚，如警告、罚款等，侵害劳动者利益的要给予赔偿。
《中华人民共和国劳动合同法》
第九条用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
第八十四条用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。
用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款;给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。
劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位扣押劳动者档案或者其他物品的，依照前款规定处罚。
《中华人民共和国身份证法》
第十六条有下列行为之一的，由机关给予警告，并处二百元以下罚款，有违法所得的，没收违法所得：
(一)使用虚明材料骗领居民身份证的;
(二)出租、出借、转让居民身份证的;
(三)非法扣押他人居民身份证的。
哪些情形可以扣留驾驶证
根据《道路交通安全违法行为处理程序规定》(105号令)第29条规定，有下列情形的可以扣留驾驶证：
(一)饮酒后驾驶机动车的;
(二)将机动车交由未取得机动车驾驶证或者机动车驾驶证被吊销、暂扣的人驾驶的;
(三)机动车行驶超过规定时速百分之五十的;
(四)驾驶有拼装或者达到报废标准嫌疑的机动车上道路行驶的;
(五)在一个记分周期内累积记分达到十二分的。
另外，醉酒驾驶机动车;或发生道路交通事故以后，有逃逸行为或构成犯罪的要被吊销驾驶证，在吊销之前驾驶证也会被扣留。
结语
根据我国相关法律的规定，《中华人民共和国劳动合同法》和《中华人民共和国身份证法》明确规定了用人单位私自扣押公司证件和劳动者身份证的违法行为。对于此类违法行为，行政机关将给予相应的处罚，包括警告、罚款等，并要求用人单位退还相关证件。同时，侵害劳动者利益的行为也需要给予赔偿。此外，《道路交通安全违法行为处理程序规定》规定了多种情形下可以扣留驾驶证，如酒后驾车、交由无驾驶证人驾驶、超速行驶等。对于醉酒驾车、逃逸行为或构成犯罪的情况，驾驶证将被吊销并扣留。以上是相关法律对于扣押证件和扣留驾驶证的规定和处罚。
法律依据
中华人民共和国行政处罚法（2021修正）：第一章 总则 第 公民、法人或者其他组织因违法行为受到行政处罚，其违法行为对他人造成损害的，应当依法承担民事责任。
违法行为构成犯罪，应当依法追究刑事责任的，不得以行政处罚代替刑事处罚。
中华人民共和国行政处罚法（2021修正）：第四章 行政处罚的管辖和适用 第二十九条 对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。同一个违法行为违反多个法律规范应当给予罚款处罚的，按照罚款数额高的规定处罚。
中华人民共和国行政处罚法（2021修正）：第四章 行政处罚的管辖和适用 第二十四条 省、自治区、直辖市根据当地实际情况，可以决定将基层管理迫切需要的县级部门的行政处罚权交由能够有效承接的乡镇、事处行使，并定期组织评估。决定应当公布。
承接行政处罚权的乡镇、事处应当加强执法能力建设，按照规定范围、依照法定程序实施行政处罚。
有关地方及其部门应当加强组织协调、业务指导、执法监督，建立健全行政处罚协调配合机制，完善评议、考核制度。
