签订补偿协议那么就是有效的。小产权房是指在农村集体土地上建设的房屋，没有缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡或村委会颁发，也叫作“乡产权房”。小产权房没有国家发放的土地使用证和预售许可证，购房合同在国土房管局不会给予备案。所谓产权证也不是真正合法有效的产权证。一句话，买卖小产权房是不受法律保护的。因为没有合法的房产证，所以，征地拆迁时，小产权房的购房人也就无法完成拆迁补偿登记，因此，在争取拆迁补偿上也就存在障碍。但是，小产权房虽然不能买卖，但也是合法房产，征地拆迁的时候，是应当得到补偿的，只是，这个补偿应当由原房主去领取，小产权房的购房人为了获得拆迁补偿，可以与原房主约定，遇到征地拆迁所获得的安置房、补偿款归购房人所有，这样，即便原房主领取了补偿款不愿意交付给购房者，购房者也可以通过取得这笔补偿款。
