清康熙二十五年(1686年)，康熙皇帝降旨，命阜成门内广济寺的住持僧，著名的律宗大师，与自己相交多年的震寰和尚为潭柘寺的钦命住持。当年秋天，康熙皇帝驾临潭柘寺进香礼佛，并且留住了数日，赏赐给潭柘寺御书金刚经10卷、药师经10卷、沉香山1座、寿山石观音1尊、寿山石罗汉18尊。
康熙三十一年，康熙皇帝亲拨库银1万两，整修潭柘寺。在震寰和尚的亲自主持下，从康熙三十一年秋到三十三年夏，历时近两年，整修了殿堂共计300余间，使这座古刹又换新颜。
康熙三十六年，康熙皇帝二游潭柘寺，亲赐寺名为“敕建岫云禅寺”，并亲笔题写了寺额，从此潭柘寺就成为了北京地区最大的一座皇家寺院。
康熙三十七年，康熙皇帝为牌楼亲题匾额，并赐给潭柘寺桂花12桶和龙须竹8杠。
康熙三十八年，康熙皇帝命著名的律宗高僧止安律师为潭柘寺的钦命住持，并赐给潭柘寺镀金剑光吻带四条，安装在大雄宝殿的殿顶上。
清雍正年间一向深居简出的雍正皇帝也专程到潭柘寺进香礼佛。
乾隆七年(1742年)，乾隆皇帝第一次游幸潭柘寺，“赐供银二百金、匾额九、楹联二、诗二、章幅子一轴、法琅五供一堂”。在潭柘寺到处都留下了乾隆皇帝的墨宝。乾隆九年，乾隆皇帝把御笔心经和自己手书的诗篇赐给了潭柘寺。
