农村建房归哪个部门管理

农村建房归县级以上土地行政主管部门管理。
人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级在充分尊重农村村愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。农村村民建住宅，应当符合乡镇土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡镇土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。
自建房办房产证流程如下：
1、需要提交的材料有登记申请书、申请人的身份证明、宅基地使用权证明、申请登记房屋符合城乡规划的证明、房屋测绘报告或者村民住房平面图；
2、申请村民住房权初始登记的，还应当提交申请人属于房屋所在地农村集体经济组织成员的证明；
3、农村集体经济组织申请房屋权初始登记的，还应当提交经村民会议同意或者由村民会议授权经村民代表会议同意的证明材料；
4、建房户向村委会提出建房申；
5、村委会审核同意，签字盖章；
6、向乡建办提出申请；
7、乡建办工作人员实地勘察，同意建房；
8、到乡建办领取房屋建设申请表，经乡建办签字同意，乡主管领导签字盖章、核实同意；
9、交县规划建设局审批；
10、建房户领取产权证。
法律依据：《中华人民共和国土地管理法》第五条
自然资源主管部门统一负责全国土地的管理和监督工作。县级以上地方自然资源主管部门的设置及其职责，由省、自治区、直辖市根据有关规定确定。
《中华人民共和国城市房地产管理法》第七条
建设行政主管部门、土地管理部门依照规定的职权划分，各司其职，密切配合，管理全国房地产工作。
县级以上地方房产管理、土地管理部门的机构设置及其职权由省、自治区、直辖市确定。