1．国有股一股独大，股权结构不合理。这种独特的股权结构决定了我国的上市公司基本上由国家控制，缺少与其制衡的大股东，根本无法形成股东之间的制衡机制，这也是造成我国上市公司治理结构存在严重问题的最根本、最直接的原因。
2．中小股东既不愿意也无能力参与公司的治理。
3．委托人缺位。鉴但在实践中，缺乏有效的代表国家行使所有者权利的董事会（或类似机构），没有―个真正对国有资产负责的人格化持股主体。
4．代理人缺位。委托人缺位使上市公司不能保证以经营管理能力和创新能力来选择经营管理者。
5．新三会（股东会、董事会、监事会）职能难以发挥，内部人控制问题突出。
6．缺乏有效的激励机制。
7．法人治理结构的不规范运行。
8．独立董事的作用很难发挥。
一、上市公司治理结构改革的思路
1．优化股权结构。通过股权结构的调整压力来约束代理人的行为，以再造新的法人治理主体，为完善公司治理结构奠定基础。
2．稳步推进国有股（国家股和国有法人股）流通，提高公司股权的流动性。
3．完善激励机制和约束机制。
4．逐步完善独立董事制度，确保其受托责任。
5．设立股东代表诉讼制度。
二、上市公司治理的特点
1、商业银行作为债权人的监督作用较小，在公司董事会、监事会中很少派驻代表。
2、国有控股公司中容易出现一股独大问题，可能因所有者缺位导致内部人控制问题。
3、民营控股公司股权较为集中，所有权和经营权合一，家族管理色彩较浓，可能引发公司不独立等问题。股东大会、董事会、管理层制衡机制较弱，董事会独立性不强，更多地维护控股股东利益。
4、监事会仅有部分监督权，无权任免董事、高管，无权参与、否决董事会、管理层的经营决策。
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