如果发现鉴定意见书有明显瑕疵的，可以视为鉴定机构未完成委托鉴定事项，人民法院应当要求鉴定人补充鉴定或重新鉴定。补充鉴定或重新鉴定仍不能完成委托鉴定事项的，人民法院应当责令鉴定人退回已经收取的鉴定费用。
法律依据：
《最高人民法院关于人民法院民事诉讼中委托鉴定审查工作若干问题的规定》 第十一条 鉴定意见书有下列情形之一的，视为未完成委托鉴定事项，人民法院应当要求鉴定人补充鉴定或重新鉴定：
1.鉴定意见和鉴定意见书的其他部分相互矛盾的；
2.同一认定意见使用不确定性表述的；
3.鉴定意见书有其他明显瑕疵的。
补充鉴定或重新鉴定仍不能完成委托鉴定事项的，人民法院应当责令鉴定人退回已经收取的鉴定费用。
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