非法占用耕地的立案标准是：
1、非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上的；
2、非法占用防护林地或者特种用途林地数量单种或者合计五亩以上的；
3、非法占用其他林地十亩以上的；
4、非法占用规定的林地，其中一项数量达到相应规定的数量标准的百分之五十以上，且两项数量合计达到该项规定的数量标准的；
5、非法占用其他农用地数量较大的情形。
非法占用耕地建房的处理如下：
1、对没有经过有关部门审批擅自建房的行为，人民政府土地行政管理部门一经发现，坚决依法律程序处理，人民法院受案后也必将依法处理；
2、超过批准的数量占用土地，多占的土地以非法占用土地论处；
3、农村村民未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地建住宅的，由县级以上人民政府农业农村主管部门责令退还非法占用的土地，限期拆除在非法占用的土地上新建的房屋；
4、超过省、自治区、直辖市规定的标准，多占的土地以非法占用土地论处。
【本文关联的相关法律依据】
《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》
第三条 违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，依照刑法第三百四十二条的规定，以非法占用耕地罪定罪处罚。
因篇幅问题不能全部显示，请点此查看更多更全内容