1、分居三年可以申请离婚，夫妻双方自愿离婚的，可以协议离婚，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记；夫妻一方要求离婚的，可以直接向人民法院提起离婚诉讼。
2、法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一千零七十六条夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
第一千零七十八条婚姻登记机关查明双方确实是自愿离婚，并已经对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的，予以登记，发给离婚证。
第一千零七十九条夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
一、证明夫妻分居的常见证据有哪些
1、一方在外居住的房屋租赁合同；
2、双方签订的夫妻分居书面协议，一定是要书面的，口头协议必须对方承认；
3、一方向另一方发出的书面分居文书，最好是用快件性质邮寄，在备注栏里注明“分居”，并且保留邮寄凭证，从邮寄之日起到提起离婚期间属于夫妻分居时间；
4、双方来往的书信、电子邮件等能证明双方感情不和分居的事实；
5、人证也可以，比如双方都认识的朋友或者亲戚，不过因为证人往往和为其作证的一方有利害关系，以及分居是夫妻“私事”，所以单独的证人证言难为法院采信，要辅佐以其他的证据。
婚后出现了任何问题，都是可以与对方协商来办理离婚的，如果婚后出现了长时间的分居或者感情不合的情况后可以向法院提出诉讼离婚的申请，在提交诉讼请求时要向法院提交双方分居的证据以及感情不合的证据，一般可以提交人证、双方的书信来往等证据的。
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