1、分居三年可以选择协议离婚，也可以选择诉讼离婚。如果双方都愿意离婚，可以先签订离婚协议书，然后共同去婚姻登记机关办理离婚登记手续。如果另一方不愿意离婚，那想要离婚的一方可以去法院起诉。2、夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解;如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
法律依据
《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
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