法律分析：区别如下：
1、二者的定义存在区别。
（1）撤销案件是指侦查机关对立案侦查的案件，发现具有某种法定情形，或者经过侦查否定了原来的立案根据，所采取的诉讼行为。
（2）结案指结束案件，谓作判决或最终处理。
2、二者的执行结果存在区别。
（1）结案：作判决或最终处理，已经作出执行。
（2）撤销案件：案件撤销就是不查且无罪或者无责任。
3、二者的执行流程存在区别。
（1）撤销案件，机关应当报经上级领导审查批准，然后写出撤销案件报告。
（2）检察机关在办理直接受理侦查的刑事案件，对依法不应追究刑事责任的被告人，可以决定撤销案件。
（3）终止侦查、撤销案件、不起诉、判决宣告无罪终止追究刑事责任的。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》
第九十 犯罪嫌疑人、被告人被羁押的案件，不能在本法规定的侦查羁押、审查起诉、一审、二审期限内办结的，对犯罪嫌疑人、被告人应当予以释放；需要继续查证、审理的，对犯罪嫌疑人、被告人可以取保候审或者监视居住。
第一百六十三条 在侦查过程中，发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，应当撤销案件；犯罪嫌疑人已被逮捕的，应当立即释放，发给释放证明，并且通知原批准逮捕的人民。
