股权转让应当缴纳的税款如下：印花税、个人所得税和企业所得税。根据相关规定，股权转让协议属于应纳税凭证，应当由当事人就所执的凭证各自全额贴花。股权转让方是企业的，应当就股权转让所得缴纳企业所得税。股权转让方是个人的，应当就股权转让所得缴纳个人所得税。
一、公司股份转让的注意事项有哪些
公司股权转让股权注意事项如下：1、在双方股权转让交易之中，其中股权转让的一方为纳税义务人，而受让股权的一方是扣缴义务人，履行代扣代缴税款的义务；2、股权交易各方在签订股权转让协议并且完成股权转让的交易之后直至企业股权变更登记之前，负有纳税义务或者代扣代缴义务的转让方或者受让方，应当到有关税务机关办理纳税（扣缴）申报，并且持税务机关开具的股权转让所得缴纳个人所得税完税凭证或者免税、不征税证明，到工商行政管理部门办理股权变更登记手续；3、股权交易各方已经签订股权转让协议的，但是未完成股权转让交易的，其企业在向工商部门申请股权变更登记手续时，应当按要求填写《个人股东变动情况报告表》并且向主管税务机关申报。
二、公司股权纠纷该怎么处理
公司股权纠纷处理方式如下：
1、公司股权纠纷可以通过和解或者调解解决；
2、当事人不愿和解、调解或者和解、调解不成的，可以根据仲裁协议向仲裁机构申请仲裁；
3、仲裁也无法纠纷的，当事人可以向提起民事诉讼。
公司股权转让要交的税金如下：
1、股权转让不需要缴纳营业税；
2、企业所得税，其取得的投资所得应按规定还原为税前收益后，并入投资企业的应纳税所得额；
3、印花税，按照产权转移就股权转让书据计贴印花税；
4、个人所得税，按股权转让所得缴纳个人所得税。
三、股权转让但没付款是否生效
股权转让但没付款生效。股权转让协议在签订的时刻就视为合同生效；受让方没有按期支付转让费的行为是违约的行为；对于违约行为的处理一般是按照合约规定的方法处理；如果双方不能就解决方法达成一致，可以进行仲裁或者要求诉讼解决。公司股权转让应召开股东会进行决议；当公司股东向股东以外其他人转让股份时，必须取得过半数的股东同意；中外合资企业、中外合作企业股权转让应获得审批机关同意；国有控股公司股权转让应经其主管部门和财政、国资主管部门的批准。
股权转让要交什么税
做股权转让需要交的税有企业所得税、营业税、契税、印花税。当转让方为个人时，只需按照20%的税率缴纳个人所得税；当转让方为个人时，只需按照20%的税率缴纳个人所得税。
【本文关联的相关法律依据】
《中华人民共和国企业所得税法》第六条
企业以货币形式和非货币形式从各种来源取得的收入，为收入总额。包括：
（一）销售货物收入；
（二）提供劳务收入；
（三）转让财产收入；
（四）股息、红利等权益性投资收益；
（五）利息收入；
（六）租金收入；
（七）特许权使用费收入；
（八）接受捐赠收入；
（九）其他收入。
