根据我国相关法律规定，对于土地确权后有纠纷的解决问题，是可以由双方当事人进行协商的；对于协商不成的情形，是可以向申请处理的；对于当事人对有关的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内以作出处理决定的为被告提起行政诉讼。土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由处理。单位之间的争议，由县级以上处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级或者县级以上处理。当事人对有关的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。因土地承包经营发生纠纷的，双方当事人可以通过协商解决，也可以请求村民委员会、乡（镇）等调解解决。当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民起诉。
土地确权证的用处？
1、有土地证就能更好的流转；
2、有些农业补贴是根据土地确权证来发放的；
3、有此证确权的土地可以申请抵押贷款。农村土地确权证书可享受补贴，以及征地补偿。
法律依据：
《中华人民共和国土地管理法》
第十四条 土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由处理。单位之间的争议，由县级以上处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级或者县级以上处理。当事人对有关的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民起诉。在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。
