补充协议还有效。补充协议应当是合同的一部分，合同主体变更后原合同有效，但是合同的变更要以原合同关系的存在为前提，即使是进行合同变更也不得超出原合同关系而且还需要在特定的情况下才可以进行合同变更。
法律依据：
《民法典》第五百一十条 合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
补充协议效力优于原合同吗
补充协议的效力优于原合同，补充协议不是必须签订的，但一旦签订补充协议，那说明协议内容对合同双方来说是非常重要，且必不可少的。如果补充协议和合同本身条款内容有冲突，补充协议的效力优于合同本身。
前面签订的合同代表了当时双方的合意，而之后，双方可以经过协商，改变或增加合同中的部分条款。签订在后的合同表达了目前双方的合意。应该说两份合同都有法律效力，如果内容相互冲突，则后面的合同约定可以推翻前面的合同约定。
《民法典》
第五百一十条 【合同约定不明的补救】合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。
合同补充协议有法律效力吗
依法订立的补充合同具有法律效力。
根据《民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
第一百四十三条规定，具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行规的强制性规定，不违背公序良俗。
法律依据： 该内容由 谷会肖律师 和 律说律答 共创回答
