湿地植被以 禾本科，菊科，莎章科，豆科，寥科和眼子菜科为主的植物构成。主要植物群落有芦苇群落、茄群落、莲群落等挺水植被带;杏菜群落， 菱角+芡实群落等浮叶根深植被带; 马来眼干菜，微齿眼子菜群落，苦草植物群落等沉水植被带，水生植被盖度达.9%，有“水下森林”的美誉。受国家一，二，三级保护的植物主要有水蕨，粗梗水蕨，中华秸缕草和野大豆等9种。
传说，很久以前，微山湖那块地方，原本是长几十里，高几百丈的大山，因山上有微子墓人们就给它起了个名叫微山。微山山腰住着一户人家，只有祖孙二人。爷俩儿开垦了几亩山坡地，种点庄稼维持生活。虽说日子过得穷苦，倒也舒心安稳。
有一年秋天，豆子快熟了，豆粒又胖又大，爷俩儿很高兴觉得定是个丰收年，不愁没粮食吃啦。一天傍晚，孙子去豆地里看豆子，抬头见一个白胡子老头，赶着一群绵羊在豆地里放。小孙子跑过去问：“老爷爷，您怎么放羊放到俺豆地里啦?”老头说：“你这豆子收不成啦，十天以内，这座大山就要崩塌啦，这里，就变成一片大海大湖，豆子还能收?!不如喂了我的羊。”停了停，他又说：“您爷俩儿可是好人啊，赶快朝天亮的方向逃走吧，可不能在这里久留啦。”说罢，化作一阵清风不见了，羊群也无影无踪了。
小孙子赶快跑回家，把刚才的事告诉了爷爷。爷爷听了，说这是神仙点化，就连夜收拾行李衣物。一边准备带领小孙子朝东方逃走，一边告诉乡亲们跟他们一块逃。就这样一传十、十传百，没过几天，山上、山下的人都逃光了。
就在第九天的半夜里，只听一阵山崩地裂的响声，随后微山就陷下去了。微山塌陷变成了大海，原来微山的最高峰变成了小岛，从此人们就把这片大海叫做微山湖，把大海中的小岛叫做微山岛了。
