一般情况下，使用含氯制剂后需要等待一个星期，才能使用EM菌液，如农盛乐水产EM菌液，其效果通常不错。
农盛乐水产EM菌液在养鱼过程中的应用较为广泛，具体方法包括：
首先，直接将农盛乐水产EM菌液按饲料量的0.2%比例喷洒在饲料上，边喷边搅拌均匀，然后直接投喂鱼群。
其次，也可以将EM菌液二次发酵后再进行投喂。具体操作是，按饲料量的0.2%加入农盛乐水产EM菌液和等量红糖，然后用水将菌液和红糖稀释10～20倍，装入塑料桶或缸，密封发酵2～3天（环境温度在30～35℃），发酵完成后，再喷洒饲料，投喂鱼群。实践证明，这种方法的效果比直接拌料投喂更好。
需要注意的是，二次发酵的菌液应在3天内用完，用菌拌好的饲料应立即投喂，若一次喂不完，剩余部分需要密封保存，夏季有效期为一周，冬季为一个月。
在池塘泼洒方面，农盛乐水产EM菌液可以增加水体中的溶氧量，增强光合效应；改善水质，消除有害病菌，提升免疫力，患病率下降、降低损失；提升产品品质，提升生长效率，提升育成率，提升生长效率；减少药物使用量，生产有机食品；对鱼类的浮头、泛塘等有良好的防治效果。
具体使用方法为：鱼苗放养前3天，每亩水面用农盛乐水产菌液5～8公斤，稀释50倍全池泼洒；放养后，每亩用农盛乐EM菌液1公斤，连泼洒10天，以后视水质情况每月泼洒2～3次。
此外，当鱼体出现细菌肠炎、打印病、烂鳃病等疾病时，可以采用100～150倍高浓度农盛乐EM菌液浸泡病鱼，或者用10～50倍高浓度农盛乐EM菌液直接涂搾于患病处，一般3～5天可以痊愈。
在水产品保鲜方面，每隔1～2天喷洒一次500倍的农盛乐水产EM菌液稀释液，可以延长水产品保鲜期，保持水产品体表光洁喜人。
