反转世界确实与普通的口袋妖怪世界截然不同，这里没有野生精灵，但充满了奇异的地形和动态的路线。玩家需要学会灵活移动，比如横着走、竖着走、倒着走，甚至在不同板块间跳跃穿梭。这里还有许多看似有路的地方，但走近了却不见踪迹；而有的地方走近了却突然出现道路。更神奇的是，原本挡路的障碍物走近了却突然消失，而原本有路的地方走进了却有障碍物挡路。
在游戏中，希罗娜一直引导着玩家，而赤木则继续着他的“神话”之路。玩家需要经过一段复杂的路径，不断上下左右移动，最终到达一个有石头可以推的位置。当玩家走近时，守护的神灵会显现，指示玩家将石头推下去。两个石头很容易就能完成任务，然后玩家需要绕着边走，从左边走到右边，倒着走到一个水流逆着的方向，冲浪然后逆水滑下就能到达第三个石头的位置。将这三个石头都推下去后，玩家需要乘坐中间的升降石板下到底层，然后将三块石头推到每个守护神所在的坑里。
接下来，玩家需要回到希罗娜处并和她谈话。最终，石板会出现，玩家踏上石板再下一层，追上赤木，他依然毫不后悔，幻想着自己的“神话”。最后，赤木使出他最强的精灵进行战斗，包括lv45黑鲁加、lv46暴鲤龙、lv46叉字蝠、lv47暗鸦王、lv48玛狃拉。经过战斗，赤木终于意识到自己的错误，抱憾而终。
希罗娜为主角的精灵恢复体力，但愤怒的鬼龙仍未平静，要求主角去安抚。建议玩家在此时存档，如果想收服鬼龙的，更应该谨慎行事。玩家需要向前走，三块石板出现，踏到最后一块时，鬼龙的黑影落下，慢慢现出原始的样子。玩家调查后，便进入战斗。战斗结束后，原先鬼龙的位置出现一个光球，希罗娜告知鬼龙的问题已经解决，现在调查光球，返回现实世界。
离开光球后，主角和希罗娜来到214道路边的隐藏山泉之路。他们都很高兴能回到现实世界，希罗娜让主角快回研究所去把这事情报告给博士。在研究所中，博士得知事情已经解决，非常高兴，还让主角去挑战联盟看看实力是否足够。
